Penduduk desa Kembang Merta pada awalnya merupakan penduduk transmigrasi spontan yang datang tepatnya pada tanggal 28 Januari 1972. Jumlah rombongan transmigrasi spontan pada saat itu berjumlah 94 KK atau 304 jiwa, tiba di Luwuk Banggai dan ditempatkan di daerah Rowa Kecamatan Lamala.
Desa Kembang Merta semenjak berdiri tahun 1972 telah 3 (tiga) kali mengalami perubahan nama desa. Pertama bernama Bali Luhur, selanjutnya dari nama Bali Luhur berubah menjadi Bali I, dan yang terakhir sampai saat ini bernama desa Kembang Merta. Sejak penyerahan KUPT ke Pemerintah Daerah Kabupaten Banggai pada tanggal 12 Desember 1979, proses kepemimpinan pemerintahan desa telah mengalami pergantian pimpinan sebanyak 9 (sembilan) kali yakni :
- I Nengah Gede Suwirka Tahun 1973 – 1973
- I Dewa Made Karmajaya Tahun 1973 – 1976
- I Nengah Riyok Tahun 1977 – 1989
- I Wayan Kota Arnata Tahun 1990 – 2004
- I Wayan Martayana Tahun 2005 – 2009
- I Wayan Sunarta Tahun 2010 – 2016
- I Kadek Sugiartawan (Pj.) Tahun 2016
- I Nyoman Mustika Tahun 2016 – 2022
- I Nyoman Mustika Tahun 2022 - sekarang