Desa Kembang Merta merupakan salah satu desa yang lahir dari semangat perjuangan para transmigran dalam membangun kehidupan baru di Kabupaten Banggai. Sejarah desa ini diawali dengan kedatangan rombongan transmigrasi spontan pada tanggal 28 Januari 1972. Rombongan tersebut berjumlah 94 Kepala Keluarga atau sebanyak 304 jiwa yang berasal dari berbagai daerah, kemudian tiba di Luwuk Banggai dan ditempatkan di wilayah Rowa, Kecamatan Lamala (Saat ini Masama). Dengan tekad, kerja keras, dan semangat gotong royong, para transmigran mulai membuka lahan, membangun permukiman, serta mengembangkan sektor pertanian sebagai sumber utama mata pencaharian.

Seiring berjalannya waktu, kawasan permukiman yang awalnya masih sederhana terus mengalami perkembangan. Berbagai fasilitas umum mulai dibangun, kehidupan sosial masyarakat semakin tertata, dan roda pemerintahan desa mulai berjalan dengan baik. Perjalanan panjang tersebut menjadi fondasi kuat bagi terbentuknya Desa Kembang Merta seperti yang dikenal saat ini.

Sejak berdiri pada tahun 1972, desa ini telah mengalami beberapa kali perubahan nama yang mencerminkan dinamika perkembangan wilayah dan identitas masyarakatnya. Pada awal pembentukannya, desa ini dikenal dengan nama Bali Luhur, sebagai simbol asal-usul sebagian besar penduduk yang merupakan transmigran dari Pulau Bali. Selanjutnya, nama tersebut diubah menjadi Bali I, sebelum akhirnya ditetapkan menjadi Desa Kembang Merta, nama yang tetap digunakan hingga sekarang. Nama "Kembang Merta" mengandung makna harapan akan kehidupan yang terus tumbuh, berkembang, serta membawa kesejahteraan bagi seluruh masyarakat.

Tonggak penting dalam sejarah pemerintahan desa terjadi pada 12 Desember 1979, ketika Kesatuan Unit Permukiman Transmigrasi (KUPT) secara resmi diserahkan kepada Pemerintah Daerah Kabupaten Banggai. Sejak saat itu, sistem pemerintahan desa berkembang secara mandiri di bawah kewenangan pemerintah daerah, sekaligus menjadi awal perjalanan kepemimpinan desa yang terus berlanjut hingga sekarang.

Selama lebih dari lima dekade perjalanan sejarahnya, Desa Kembang Merta telah dipimpin oleh sejumlah kepala desa yang memberikan kontribusi sesuai dengan zamannya.

1. I Nengah Gede Suwirka Tahun 1973 – 1973
2. I Dewa Made Karmajaya Tahun 1973 – 1976
3. I Nengah Riyok Tahun 1977 – 1989
4. I Wayan Kota Arnata Tahun 1990 – 2004
5. I Wayan Martayana Tahun 2005 – 2009
6. I Wayan Sunarta Tahun 2010 – 2016
7. I Kadek Sugiartawan (Pj.) Tahun 2016
8. I Nyoman Mustika Tahun 2016 – 2022
9. I Nyoman Mustika Tahun 2022 - sekarang

Perjalanan sejarah Desa Kembang Merta merupakan bukti nyata bahwa semangat kebersamaan, kerja keras, dan gotong royong mampu mengubah kawasan transmigrasi menjadi desa yang terus berkembang. Berbekal pengalaman panjang selama lebih dari lima puluh tahun, Desa Kembang Merta terus berupaya meningkatkan kualitas pelayanan pemerintahan, memperkuat pembangunan infrastruktur, mengembangkan potensi pertanian dan ekonomi masyarakat, serta menjaga kerukunan dan nilai-nilai budaya yang telah diwariskan oleh para pendahulu. Semangat tersebut menjadi landasan bagi seluruh masyarakat untuk terus melangkah menuju desa yang lebih maju, mandiri, dan sejahtera.